BAZNAS Kabupaten Kulon Progo semula bernama BAZDA Kabupaten Kulon Progo yang dibentuk pada tanggal 3 Oktober 2009, berdasarkan Keputusan Bupati Kulon Progo Nomor: 269 Tahun 2009 tentang Pembentukan BAZDA Kabupaten Kulon Progo masa bakti tahun 2009 sampai dengan 2012. Setelah dikeluarkan Peraturan Pemerintah RI No 14 Tahun 2014, mengenai pelaksanaan Undang-Undang No 23 Tahun 2011, BAZDA berubah nama menjadi BAZNAS.

Berdasarkan SK Dirjen BIMAS ISLAM Nomor DJ.II/568 Tahun 2014 Tanggal 5 Juni 2014 ditetapkan pembentukannya sebagai BAZNAS Kabupaten yang merupakan  lembaga yang melakukan pengelolaan zakat secara nasional.